补发工资的扣税方式如下：补发的工资可以按补发月份所属期的费用扣除标准来计算个人所得税，不与发放当月的工资薪金合并计算缴纳个人所得税。计算公式为：所属月份补发工资应纳税额 = {[（所属月份补发工资 + 原所属月份的工资薪金所得） - 费用减
